Разработка базы данных штаммов коагулазонегативных стафилококков, циркулирующих в стационарах разного профиля, для изучения персистенции

Объект разработки: база данных «Штаммы коагулазонегативных стафилококков, персистирующие в стационарах разного профиля».

Цель работы: включение современных информационных технологий в систему эпидемиологического надзора и мониторинга за инфекциями, вызванными эковарами коагулазонегативных стафилококков, циркулирующими в Нижнем Новгороде.

Методология проведения работы: исходные данные были конвертированы в набор взаимосвязанных таблиц и организованы в иерархическую двухуровневую базу данных. База данных содержит информацию о 1045 штаммах, циркулировавших в стационарах разного профиля Нижнего Новгорода. Для формирования выборки, описывающей клинико-эпидемиологические и фенотипические характеристики штаммов, осуществляются запросы. В результате выполнения запроса формируется таблица, где каждая строка соответствует одному штамму и содержит информацию о дате, источнике и месте выделения, фенотипе антибиотико- и фагорезистентности, наличии гена mecA, а также чувствительности к различным классам дезинфицирующих средств и способности к образованию биопленки. База данных является пополняемой. Для ее создания использовали программу Microsoft Office Access со стандартным пакетом приложений. База данных включает 17 запросов и 14 таблиц. Тип реализующей ЭВМ: IBM РС-совместимый ПК. Вид и версия системы управления базой данных: Access 2002 и выше. Вид и версия операционной системы: Windows 7 и выше. Разработанная база данных позволяет осуществить поиск и обработку эпидемиологически значимой информации о штаммах коагулазонегативных стафилококков.

Область применения базы данных – совершенствование системы микробиологического мониторинга в эпидемиологическом надзоре за инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи.

1. Шкарин В.В., Послова Л.Ю., Ковалишена О.В., Сергеева А.В., Сенягина Н.Е. Эпидемиология внутриутробных и внутрибольничных инфекций новорожденных. Учебное пособие. ФГБОУ ВО «ПИМУ» Минздрава России. Нижний Новгород. 2019. 124 с.

2. Желнина Т.П. Факторы риска развития инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, у пациенток акушерского стационара. Медицинский Альманах. 2017. № 4. С. 37-40.

3. Головерова Ю.А., Тутельян А.В., Марьин Г.Г., Акимкин В.Г. Направления модернизации учета заболеваемости населения инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи в Российской Федерации // В сборнике: Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие угрозы Материалы XI Ежегодного Всероссийского Конгресса по инфекционным болезням с международным участием. 2019. С. 41-42.

4. Rajivgandhi G., Maruthupandy M., Muneeswaran T., Anand M., Quero F. et al. Biosynthesized silver nanoparticles for inhibition of antibacterial resistance and biofilm formation of methicillin-resistant coagulase negative Staphylococci. Bioorg. Chem. 2019. Vol. 89. P. 103-108.

5. Rampelotto R.F., Lorenzoni V.V., Silva D.D.C., Coelho S.S., Wust V. et al. Assessment of different methods for the detection of biofilm production in coagulase-negative staphylococci isolated from blood cultures of newborns. Rev. Soc. Bras. Med. Trop. 2018. Vol. 51 (6). P. 761-767.

6. Козлова Ю.Н., Фоменко Н.В, Морозова В.В и др. Генетическая и биохимическая характеризация стафилококков, встречающихся в Новосибирске. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2017. № 21 (8). С. 952-958.

7. Бестужева Г.Р., Сабодаха М.А, Садыбакасова Г.К. Эволюционизирующий пейзаж коагулазоотрицательных стафилококков клинического происхождения. Вестник Кыргызско-Российского славянского университета. 2018. № 18 (9). С. 121-124.

8. Акимкин В.Г., Тутельян А.В., Орлова О.А., Голубкова А.А., Квасова О.А. и др. Инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи (ИСМП). Информационный бюллетень за 2018 г. Москва. 2019. 51 с.

9. Захарьевская Ю.Н. Микробный пейзаж при гнойно-септических заболеваниях и антибиотикорезистентность выделенных микроорганизмов. Бактериология. 2019. № 4 (1). С. 17-20.

10. Степанов А.С., Васильев Н.В. Оценка распространенности механизмов устойчивости Staphylococcus spp. среди изолятов, выделенных из клинического материала. Проблемы медицинской микологии. 2016. № 18 (3). С. 45-48.

11. Граничная Н.В., Зайцева Е.А., Бондарь В.Ю. Фенотипическая характеристика биологических свойств коагулазонегативных стафилококков, выделенных в кардиохирургическом стационаре. Альманах клинической медицины. 2017. № 45 (2). С. 127-132.

12. Буга Д.В., Плискарь В.И. Значимость метициллин-резистентных стафилококков в септической патологии. Медицинский альманах. 2019. № 1 (58). С. 40-43.

13. Граничная Н.В., Зайцева Е.А., Переломова О.В. Резистентность коагулазонегативных стафилококков, выделенных из различного биоматериала у пациентов кардиохирургического профиля. Тихоокеанский медицинский журнал. 2019. № 2 (76). С. 38-42.

14. Бабушкина И.В., Бондаренко А.С., Мамонова И.А., Ульянов В.Ю. Образование биопленок штаммами стафилококка, выделенными из различного биологического материала при инфекционных осложнениях тотального эндопротезирования коленного сустава. Саратовский научно-медицинский журнал. 2019. № 15 (2). С. 261-266.

15. Kitti T., Seng R., Thummeepak R. et al. Biofilm formation of methicillinresistant coagulase-negative staphylococci isolated from clinical samples in Northern Thailand. J Global Infect Dis. 2019. Vol. 11. P. 112-117.

16. Широкова, И.Ю. Эпидемиологические и микробиологические особенности инфекций, обусловленных коагулазоотрицательными стафилококками: автореф. дисс. … канд. мед. наук: 14.02.02. Широкова Ирина Юрьевна. Н. Новгород, 2014. 177 с.

17. Никифоров В.А., Кряжев Д.В., Княгина О.Н., Красногорская С.Е. Уровень заболеваемости гнойно-септическими инфекциями у новорожденных, родильниц, пациентов хирургических стационаров в структуре ИСМП в Нижегородской области в период 2014–2015 гг. и меры по их профилактике. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2017. № 1. С. 10-14.

18. Кряжев Д.В., Беляева Е.В., Борискина Е.В., Ермолина Г.Б., Никифоров В.А. и др. Чувствительность к антибиотикам, дезинфектантам и бактериофагам эковаров коагулазонегативных стафилококков, выделенных в детском стационаре. Медицинский Альманах. 2017. № 4. С. 66-69.

19. Беляева Е.В., Ермолина Г.Б., Борискина Е.В., Кряжев Д.В., Шкуркина И.С. Мониторинг биопленкообразующей способности у циркулирующих в детском стационаре коагулазонегативных стафилококков. Медицинский альманах. 2018. № 4 (55). С. 26-30.

20. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2018621390 от 28.08.2018. Электронный эпидемиологический атлас Нижегородской области (по материалам 2017 года). Доступно на: https://www1.fips.ru/ofpstorage/Doc/PrEVM/RUNWDB/000/002/018/621/390/2018621390-00001/document.pdf.